Die Abteilung „Vertrag“ unterstützt den Vorstand insbesondere in vertragsrechtlichen Angelegenheiten, die die zahnärztliche Versorgung betreffen. Im Vordergrund stehen die ständigen Verhandlungen mit dem Spitzenverband Bund der Krankenkassen unter Beteiligung der einzelnen Bundesverbände der Krankenkassen sowie Verhandlungen mit sonstigen Kostenträgern, zu denen das Bundesministerium der Verteidigung, das Bundesministerium des Innern und die Spitzenverbände der Gesetzlichen Unfallversicherung zählen. Daneben berät die Abteilung den Vorstand in entsprechenden Fragestellungen zu laufenden Gesetzgebungsverfahren. In der Abteilung Vertrag ist darüber hinaus die Geschäftsführung des Bewertungsausschusses für zahnärztliche Leistungen angesiedelt. Auch das innerhalb der GKV vorgesehene Obergutachterverfahren als zweite Instanz bei Streitigkeiten zu beauftragten Begutachtungen bezüglich genehmigungspflichtiger Leistungen wird operativ von der Abteilung durchgeführt.
Verhandelt werden die Rahmenbedingungen zur gesamten Bandbreite vertragszahnärztlicher Leistungserbringung, Vergütung, Abrechnung, Abrechnungsprüfung u.v.m. In all diesen Bereichen spielt die Digitalisierung natürlich eine zentrale Rolle. Im Gegensatz zu einigen gesetzlichen Vorgaben, die für den zahnärztlichen und den ärztlichen Bereich gleichermaßen gelten, steht für die KZBV die Frage im Vordergrund, wie Digitalisierung auch aus Praxissicht sinnvoll eingesetzt werden kann. Deshalb ist in der Abteilung Vertrag bspw. das sog. Elektronische Beantragungs- und Genehmigungsverfahren Zahnärzte (EBZ) entwickelt worden, mit dessen Hilfe die täglichen Prozesse in der Praxis erheblich beschleunigt und bürokratieärmer ausgestaltet worden sind.